仁怀市卫生健康局内设机构13个，分别为：办公室、党建办公室、财务审计股、医政股、中医股、医改股、规划信息股、法规与综合监督管理股、人事教育股、人口家庭股、职业健康股、公共卫生股、医疗应急股，内设机构股级职数13名。内设机构职责如下：
办公室：负责机关日常运转，承担保密、政务公开等工作。负责本部门、本行业领域的国家安全、网络安全、意识形态工作。做好军民融合工作。做好对外交流与合作工作。做好公共机构能源资源消费统计上报工作。统筹做好高质量绩效考核工作。组织开展卫生健康宣传、新闻和信息发布工作。负责组织办理人大建议、政协委员提议。
党建办公室：贯彻落实党中央、省委、遵义市委、仁怀市委关于党建工作的各项决策部署，制定党的建设工作规划并组织实施，负责系统内党建、党风廉政建设、医德医风、统战、群团工作；指导全市公立医院、基层医疗卫生机构、民营医院党建工作；开展公立医院、基层医疗卫生机构、民营医院党建工作政策研究；承担公立医院党建工作绩效管理；承担机关党委日常工作；承担局机关精神文明建设、思想政治工作。
财务审计股：负责组织本机关财务会计制度的执行，组织本机关预算编制、预算执行、预算监督和决算工作，牵头完成专项资金下达、资金绩效评价和国有资产管理工作。负责防范化解政府性债务风险管理、金融风险化解防范、农村集体产权制度改革工作。指导和监督所属预算管理单位开展相关财务和审计工作，负责医疗机构运转分析工作。对医疗机构设备、医用耗材、办公耗材、购买服务程序进行指导和监管工作。
医政股：负责执行医疗机构及医务人员、医疗技术应用、医疗质量和医疗服务等行业管理政策规范、标准并监督实施工作，承担推进心理健康和精神卫生、护理、康复事业发展工作；负责实验室生物安全监督管理工作；负责社会办医疗机构监督管理的相关工作。拟订卫生健康科技发展规划及相关政策并组织实施；提高科技创新能力；负责指导医疗机构开展新技术新项目，负责科普、科研工作。负责医疗安全、医疗纠纷、平安医院、采供血机构管理工作。负责医疗机构行风建设工作。负责国防动员、征兵体检工作。负责生态文明、医疗废弃物、医疗废水监督管理工作。负责医疗机构创等工作。负责对医疗机构采购一般设备进行合理性审查。
中医股：贯彻中医药事业发展的规划和政策措施；承担中医医疗、预防、保健、康复及临床用药等相关监督管理；规划、指导、协调全市中医医疗机构和科研机构的结构布局和运行机制的改革；配合开展中药资源普查;指导高等中医药临床教学、中医药师承教育、继续教育和相关人才培训工作;指导、协调中医药科研条件和能力建设；组织开展中医药推广、应用和传播工作，推动中医药防病治病知识普及；着力建设覆盖生命全周期的中医药服务体系。执行中医药管理相关政策法规。
医改股：负责深化医药卫生体制改革具体工作，研究提出深化医药卫生体制改革政策、措施的建议，负责组织推进公立医院综合改革工作。贯彻落实国家基本药物制度、国家药物政策和基本药物目录。开展药品使用监测、临床综合评价和短缺药品预警。提出药品价格政策和国家基本药物目录内药品生产鼓励扶持政策的建议。负责承担医保、药品、高值医用耗材集中采购监管工作。拟订并组织实施公立医院运行监管、绩效评价和考核制度。承担医改相关指标监测工作。
规划信息股：组织拟订卫生健康事业发展中长期规划，指导卫生健康服务体系建设，组织开展卫生健康产业发展、第三产业发展、卫生健康统计工作。承担全民健康信息化建设、智慧医院、健康医疗大数据应用发展、远程医疗服务体系建设和政务数据资源管理等工作。负责组织实施卫生健康领域项目建设、投资工作。负责对医疗机构采购大型医疗设备进行合理性审查。
法规与综合监督管理股：负责组织起草卫生健康地方性法规、规章草案。牵头组织卫生健康重点法律法规的调研工作，提出政策建议。负责机关推进依法行政综合工作，负责法律顾问、依法治市、法治政府建设、民主法治等有关工作。承担机关行政规范性文件的合法性审核和有关备案工作。承担行政复议、行政应诉有关工作。负责“放管服”改革、政务服务相关工作。负责统筹本市卫生健康综合监督管理体系建设。负责卫生健康领域的社会治安综合治理、信访维稳、禁毒、反诈工作。负责职责范围内的学校卫生、公共场所卫生、饮用水卫生等公共卫生的综合行政监管，负责传染病防治的综合行政监管和评估工作。负责校园周边环境卫生整治相关工作。统筹组织开展好国家、省、市“双随机一公开”抽检工作；负责 12345智慧政务服务工作。负责平安仁怀建设、未成年人保护、扫黑除恶、预防青少年犯罪、命案防控、基层社会治理有关工作。协调有关部门做好医疗卫生监督执法工作，依法打击和查处医疗卫生行业违法违规行为，维护医疗卫生行业健康有序发展。
人事教育股：负责拟订卫生健康人才发展规范，承担机关和指导所属单位的干部人事、机构编制和队伍建设等工作；负责卫生健康系统卫生健康专业技术人员资格管理工作；组织开展住院医师、专科医师培训等毕业后医学教育和继续教育工作；组织开展卫生健康工作领域的援外工作、东西部协作。负责牵头和指导卫生健康领域评先、评优工作。负责机关离退休工作，指导所属单位离退休工作。负责乡村医生管理工作。
人口家庭股：承担全员人口信息采集、人口监测预警及形势分析工作，研究并提出促进全市人口长期均衡发展的政策措施，组织实施好计划生育利益导向机制及特殊困难家庭扶助制度；指导基层加强计划生育相关法律法规和政策宣传工作；负责牵头开展全市托育服务相关政策制定和工作指导；负责康养产业相关工作，负责老年健康服务；承担乡村振兴驻村帮扶工作。
职业健康股：组织并参与职业卫生、放射卫生等地方性法规、标准和规章的修订、实施。开展职业病危害普查、重点职业病监测、专项调查、职业健康风险评估和职业人群健康管理工作。承担职业卫生和放射卫生技术服务和放射诊疗监管工作；组织开展职业健康检查；健全完善职业病检查机构技术支撑体系建设；统筹做好职业病监督管理相关工作。协调开展职业病防治工作。组织实施食品安全地方性标准，开展食品安全风险监测、评估和交流，承担新食品原料、食品添加剂新品种、食品相关产品新品种的安全性审查。
公共卫生股：负责拟订基层卫生健康政策、标准和规范并组织实施，指导基层卫生健康服务体系建设工作。负责健康教育、健康促进活动、健康细胞、健康行动、健康素养、健康科普、健康知识进万家。巩固脱贫攻坚成果与乡村振兴有效衔接卫生健康服务。负责执行重大疾病、慢性病防控管理政策规定并监督实施。拟定疾病预防控制规范、免疫规划以及严重危害人民健康公共卫生问题的干预措施并组织实施，完善疾病预防控制体系；执行检疫传染病和检测传染病目录；拟定全市防治艾滋病的规划和措施，承担艾滋病防治项目的组织实施和管理工作；负责建立监测预警体系建设和完善传染病疫情网络直报系统，完善疫情信息通报和共享机制，指导医疗机构等落实传染病疫情信息报告责任；承担传染病疫情信息发布工作；组织协调传染病疫情应对工作，组织开展传染病疫情监测、风险评估，提出预警决策和启动应急响应建议。执行妇幼卫生健康政策、标准和规范，推进妇幼健康服务体系建设，指导妇幼卫生、出生缺陷防治、婴幼儿早期发展、人类辅助生殖技术管理和生育技术服务、营养餐建设工作。
医疗应急股：承担医疗卫生应急体系建设，组织指导各类突发公共卫生事件的医疗救治和紧急医学救援工作；指导所属单位制定应急预案，并组织开展相关工作；贯彻落实意外伤害相关预防措施。负责本行业领域的安全生产、消防安全、医院安防工作。承担重大活动、重要外宾来仁、重要会议的医疗卫生保障工作。
